Ab Mitte der 1960er Jahre machte Lilli Zapf es sich zur Aufgabe, dem Schicksal der Tübinger Juden nachzuforschen. Von keiner offiziellen Stelle unterstützt, sondern teilweise eher behindert, sammelte sie eine Vielzahl von Informationen aus Archiven, von Ämtern, von Tübinger Juden, die in der Emigration überlebt hatten, und von Tübinger Bürgern. Immer mit dem Ziel, möglichst viele Informationen dem Vergessen zu entreißen. Sie war damit eine Pionierin der Vergangenheitsbewältigung in einer Zeit, in der dieses Thema noch nicht auf der Tagesordnung stand.

1974 erschien ihr Buch Die Tübinger Juden zum ersten Mal und gilt heute als Musterbeispiel der vorbildlichen Aufarbeitung der Situation in einer konkreten Stadt.